Сексуальная ориентация Франко в связи с его многочисленными гей-ролями не раз становилась предметом спекуляций и обсуждений. Сам актер в интервью рассказал, что подобные слухи начали преследовать его задолго до того, как он стал известным: "В школе у меня был очень близкий друг, и о нас ходили слухи, что мы - геи. Черт его знает, кто начал эти слухи распространять. Наверное, люди, которые нам завидовали, парни, на которых не обращали внимания, девочки, не пользовавшиеся популярностью. Сегодня мне нравятся, когда люди утверждают, что я - гей. Это даже круто".

Очередной повод для обсуждений Франко дал после того, как сфотографировался в образе травести-дивы для обложки журнала "Candy". Актер долгое время отказывался отвечать на вопрос о своей ориентации, пока, наконец, не "совершил камин-аут" как гетеросексуал в интервью журналу "Advocate".

В этом же интервью Франко рассказал, что некий репортер из желтой прессы пытался раздуть скандал, обвиняя актера в том, что он якобы изнасиловал мужчину. Этот человек утверждал, что лично беседовал с жертвой, которая поведала, что с Джеймсом Франко у него был тайный роман, который закончился после этого акта неоправданного насилия.

"Мой адвокат сказал мне: "Подавай иск, поскольку по этому вопросу не было никакого полицейского расследования, никто с жалобами не обращался", - вспоминает Франко. Адвокат разыскал на Фейсбуке страницу парня, которого актер якобы изнасиловал (хотя на самом деле он с ним не был даже знаком), после чего выяснилось, что этот молодой человек - тот еще фантазер: Франко он называл "мужчиной своей мечты". В результате "жертва" признала, что в действительности никогда лично не встречалась с Франко, и дело было закрыто. Сам актер вспоминает об этой истории с горечью - и даже не столько из-за клеветы, сколько из-за того, что слухи об изнасиловании стали распространяться именно в тот момент, когда он снимался в фильме "Милк", который считал для себя чрезвычайно важным.